Le Conseil Scientifique est le garant de la qualité des travaux réalisés par le département de recherche. Il conseille le directeur du département sur les thèmes qui font l'objet d'appel à propositions auprès de la communauté scientifique, il supervise l'appel à propositions et sélectionne un projet (un sujet de recherche et une équipe de recherche), et il suit l'avancement et la qualité des travaux pendant la durée du projet.

• Franck AGGERI, professeur au Centre de Gestion Scientifique de MINES ParisTech 
• Olivier FAVEREAU, professeur émérite d’économie de l’université de Paris-Ouest Nanterre, ancien co-directeur du programme de recherches mené au département Économie et Société du Collège des Bernardins entre 2009 et 2018 
• Kathia MARTIN-CHENUT, chargée de recherche CNRS, UMR8103-ISJPS (Institut des Sciences Juridiques et Philosophiques de la Sorbonne, Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne) 
• Bernard PERRET, socio-économiste et essayiste, membre du Conseil Scientifique du département Économie et Société du Collège des Bernardins qui a supervisé le programme de recherches mené entre 2009 et 2018